شیوه ایشان در تبیین مسائل اعتقادی و مباحث عمیق خداشناسی استفاده از معارف بلند قرآن و عترت بود.
شاگردان خود را به استفاده از این منابع عظیم و پربار دعوت می کردند و برای دریافت آن حقایق معنوی و عرفانی آمادگی روحی و دعا و توسل را بسیار مهم می دانستند؛ یعنی معظم له راز و رمز رسیدن به توحید ناب و دست یابی به عرفان حقیقی را طهارت باطن و تزکیه نفس همراه با دعا و تضرع و دست گیری اهل بیت عصمت علیهم السلام می دانست.

فرزند ایشان می گوید:
گاه از محضر ایشان، درباره راه ترقی و پیشرفت در امور معنوی و معرفتی سؤال می کردم و از ایشان دستوری می خواستم ایشان فرمود:
پسر! آن جا که سلطه نیست شمااین قدر اصرار می ورزی، آن ها باید بخواهند، اگر خواستند خودشان مقدمات و زمینه را آماده می کنند.

متأسفانه، این بعد از شخصیت آیت الله کوهستانی بر بسیاری از ارادتمندان او پوشیده ماند و آن گونه که باید و سزاوار بود، از محضر پرفیض آن عارف بصیر استفاده نشد.

در این جا اظهارت نسبتاً جامع یکی از شاگردان ایشان حجت الاسلام محقق را ـ که مدتی در معارف توحیدی و اعتقادی از محضر آن بزرگوار استفاده کرده است ـ می آوریم :
مهم ترین استفاده ای که من از محضر آیت الله کوهستانی کردم، جنبه معارف ایشان است. معظم له در معارف خلاقیت ویژه ای داشتند که مختص خودش بود و در اثر آن صفای نفسانی و تقوایی افاضه هایی از مبدأ فیاض به ایشان شده بود.
در اکثر مطالب و موضاعات معارف، از کلمات درربار حضرات معصومین علیهم السلام استفاده کرده بودند، به ویژه ادعیه مانند: دعای عرفه، صحیفه سجادیه، مناجات های خمسه عشر و شعبانیه و امثال آن؛ به طوری که هر عارف و عالمی که در موضوع عرفان سخنی به میان می آورد، ایشان از ادعیه و کلمات معصومین علیهم السلام بر آن استشهاد می فرمود.

البته عرفان ایشان عرفان اصطلاحی نبود، بلکه عرفانی اشراقی و ابتکاری بود که از متن قرآن و روایات استفاده می کرد. به طوری که هر قدر انسان آلودگی و علاقه به دنیا کم تر داشت و طهارت و تقوایش بیش تر بود بهتر می توانست آن مطالب را بفهمد.
ایامی که در محضر آن بزرگوار افتخار حضور داشتم، برای من و یکی دیگر از شاگردان درس معارف را شروع کردند. ابتدا نزدیک به هشت یا نه روز مقدمات بحث را فرمودند از موجودغیر ذی روح آغاز کرده تا به بحث موجود ذی روح و حیاتی رسید، بعد وارد بحث روح شدند و از روح نیز به حیات رسید و از آن بحث نیز به « حی» که اسم خداوند تبارک و تعالی است منتقل شد.

پس از آن که در اسم مبارک حی مطالبی را ایراد فرمود به مسمی ـ که خود ذات مقدس حق تعالی است ـ پرداخت.
هنگامی که می خواست در اثبات ذات باری تعالی سخن بگوید به ما فرمودند:
« فردا می رسیم به اثبات خداوند که بحث بسیار دشواری است، چرا که هم من باید بتوانم خوب بیان کنم و هم شما باید خوب درک کنید؛ بنابراین بکوشید امشب و فردا، قرآن بیشتر بخوانید و در نماز شب از خداوند مسئلت کنید که شما را در فهم این معارف یاری دهد. »

فردا که سر جلسه حاضر شدیم، ایشان بیاناتی در اثبات ذات باری تعالی فرمودند که ما نفهمیدیم.
وقتی جناب ایشان متوجه این امر شدند، سکوت اختیار کرده و درس را متوقف نمودند و بیان داشتند که اگر به عمق مطلب پی بردید، این چنین خون سرد نبودید و به هیجان می آمدید.
بالاخره آن روز را به مباحث دیگری پرداختند، ولی باز به ما سفارش کردند که از تلاوت قرآن و دعا و نافله شب غفلت نکنیم و از خداوند در جهت فهم این مبحث مهم اعتقادی کمک بجویم.
فردا وقتی سر درس حاضر شدیم، با بیان بهتر وارد بحث اثبات صانع شدند. خدا شاهد است که بدون هیچ اغراق و مبالغه ای عرض می کنم همین که حدود بیست دقیقه در زمینه ذات باری تعالی صحبت فرمودند، چنان حالتی در ما به وجود آمد که وصف نشدنی است؛
به طوری که تعادل روحی خود را از دست داده و از شوق چشمانمان پر از اشک شد و بی قراری بر ما مستولی گشت. نمی توانستیم ساکت بنشینیم، وقتی آقا جان این حالت معنوی را در ما دید، فرمودند:
«الحمدلله جرقه زد و این حقایق برای شما جا افتاده است. »

خلاصه چنان مفهوم هستی مطلق را برای ما آشکار کرده بود که گویا همه صفات کمالیه و جمالیه را مشاهده می کنیم. جداً یک حالت روحانی و معنوی عجیبی در من ایجاد شده بود که تا مدتی در من ادامه داشت؛ به طوری که همیشه خودم را در محضر خداوند تبارک و تعالی می دیدم به حدی که می خواستم پا دراز کنم یا بخوابم احساس شرم داشتم و می ترسیدم که نوعی بی ادبی باشد، دنیا با همه ابعادش در نظرم پست و بی مقدار شده بود و ذکر و عبادت برایم لذت بخش و شیرین بود.

عظمت انبیا و اولیا علیهم السلام آن چنان برایم مجسم شده بود که غالب اوقات در این فکر بودم و می گفتم که قطره هایی از حبّ تو بر من سرایت کرده و حالم این گونه شده است، و آن امامان معصوم که همیشه از سرچشمه فیضت مستقیماً افاضه می شدند، چه حالی داشتند.
خلاصه آن که این حال پربرکت تا سه ماه در من ادامه داشت تا شب سیزدهم ماه رجب که مرا جهت سخنرانی در جشنی که به نام حضرت علی علیه السلام در یکی از روستاهای مجاور برگزار شده بود، دعوت کردند.
در آن مجلس حاضر شدم و پس از پایان سخنرانی نیز چند لحظه ای جهت پذیرایی نشستم. یک دانه شیرینی با چای خوردم و جلسه را ترک کردم. وقتی از مجلس بیرون آمدم احساس کردم ماهیت درونی من عوض شده، گویا چراغی بود در درونم که خاموش گشت و هر چه تضرع کردم که دوباره آن حال برگردد، برنگشت.

پس از چند روز که این موضوع را با آقا جان در میان گذاشتم و عرض کردم از روزی که شما بحث اثبات صانع را مطرح فرمودید، حالتی معنوی و عجیب در من ایجاد شده بود، ولی از شبی که در آن مراسم جشن شرکت کردم و چیزی خوردم آن چراغ درونی به کلی خاموش شد.
آقا جان پس از چند لحظه تأمل فرمودند:
قرآن زیاد بخوان در نافله شب هم ناله و زاری کن تا خداوند این موهبت را به شما برگرداند. دعای « ربنا لا تزع قلوبنا بعد اذهدیتنا» را هم زیاد بخوان .

ولی من هر چه کردم دیگر آن حالت در من ایجاد نشد. بنده این خاطره و آن حالت معنوی که در من ایجاد شده بود را از کرامات این مرد بزرگ می دانم.

مرحوم آیت الله کوهستانی به امور درسی طلاب بسیار توجه داشت و با تمام توان خود می کوشید که برنامه های درسی آنان به زمین نماند. در آغاز چون تدریس و مدیریت مدرسه بر عهده ایشان بود سعی وافر داشت به نحو احسن آن را اجرا نماید.
خود در این باره می فرمودند:
« اوایل کار حوزه تا حدود سیزده درس می گفتم و بر اثر آن خستگی شدیدی بر من مستولی می شد به گونه ای که شب، حال و رمقی برایم باقی نمی ماند، جهت رفع خستگی در همان بیرونی دراز می کشیدم.
افزون بر آن که اواخر شب برخی از طلاب جهت رفع اشکال ها و پاره ای از سؤال های درسی به من مراجعه می کردند و باید پاسخ آنان را نیز می دادم سپس برای استراحت به منزل می رفتم.
این وقتی بود که جمعی از طلبه ها برای تهجد و نماز شب به بیرونی و حسینیه می آمدند. »

آن بزرگوار چنان به درس های طلاب جوان و پرشور اهتمام می ورزید که حاضر نبود یک روز هم بدون دلیل درس حوزه تعطیل گردد، گاه اگر مسافرتی به روستاهای اطراف پیش می آمد سعی می کرد شب را به منزل بازگردد تا درس فردا دایر باشد.
در سال های آغازین که برنامه های درسی ایشان فشرده و زیاد بود جهت نظم در اجرای برنامه ها مراجعات مردمی و رفع خصومت ها و گرفتاری ها را به روزهای تعطیل واگذار کرده بود.
تمام وقت در خدمت طلاب بود، اغلب روزها در حیات مدرسه می نشست و دانش پژوهان جوان حوزه اطراف او حلقه می زدند و با مهربانی و عطوفت از آنان درس های گذشته را می پرسید و در ضمن، راه و رسم تحصیل علم و دانش و رمز ترقی و کسب کمالات معنوی را به آن ها می آموخت.

شاگردان را هم تشویق می کرد و هم در مواقع ضروری تنبیه می نمود .اگر طلبه ای از عهده امتحانات حوزه خوب بر می آمد ،جایزه تعیین می کرد و به این طریق او را مورد لطف و محبت خویش قرار می داد.

همواره طلاب را به درس خواندن و استفاده صحیح از فرصت ها نصیحت می فرمود و در این راستا گاهی به طلاب سفارش می کرد که :
« طلبه باید سوره واقعه را حفظ نماید و پس از نماز عشا در بین راه مسجد و مدرسه آن را قرائت کند، وقتی که به حجره آمد پس از صرف شام مشغول مطالعه گردد.»